植物园项目一期拟用地面积约319.3亩，东至福厦高速公路、西至清凉山、南至下洋路、北至火车南站车辆段，涉及城门镇清富村。建设内容包括清凉山形象主入口建设，建筑面积约10020平方米（含游客服务中心、青少年植物中心、入口驿站、配套半地下停车场等），建设一个核心专类园（茉香茶谷）、一个植物专类园（兰园），还将建设约3.8公里长的主园路，计划投资2.6亿元。

三江口植物园总体规划以“山海福舟，千帆筑境”为设计理念，将构建以“两山”（清凉山、城门山）、“两湿地”（马航洲湿地、滨海新城东湖湿地公园）为核心的全域植物园群体系。

以“植物盛宴”为主题，打造植物园核心区，集科学体系与主题文化于一体。设计主要通过两岸寻根之路、传粉者之路、全栖生命谷、中国之物力量、自然教育之径五条展陈线索展开。主要建设内容包括茉香茶谷、海丝花园、杜鹃溪谷、荷塘禅寺、棕榈乐境、雨林秘境、科研中心、自然博物馆及雨林小镇等。

以“自然主题乐园”为设计主题，核心区包括茉茉小镇、茉香桃源、乐活湖滨三大主题分区，同时设置植物科研中心。